2019年1月15日，为积极探究新时代机关运行保障规律和高质量发展路径，云南省机关事务管理局与云南大学合作成立“云南省机关事务研究中心”。2022年国务院学位委员会办公室批准云南大学政府管理学院为 “政府运行保障管理”专业方向（二级学科）开展专业学位或学术学位研究生培养的11家首批建设单位之一。为了推进学科专业建设，围绕推进机关事务治理体系和治理能力现代化的重大理论与现实问题，2022年8月3日，研究中心升格为“云南省机关运行保障研究院”。

云南省机关运行保障研究院设于云南大学政府管理学院，主要成员由省机关事务管理局和云南大学人员共同构成，科研团队以云南大学政府管理学院的教授、副教授、博导以及机关事务系统业务骨干组成，并根据理论研究工作需要邀请国内外专家学者参与。

云南省机关运行保障研究院高质量完成国家级研究课题1个、重点研究课题26个，省社科基金发布课题2个，5个研究成果形成省政府决策报告。机关事务理论研究成果《机关事务服务规范化》获国家机关事务管理局理论研究特等奖，相关成果获一等奖1项，二等奖2项，三等奖4项。发表《机关运行保障立法的功能定位》、《机关运行保障内在逻辑研究》、《我国机关事务管理法律体系研究》、《以标准化方式推进机关事务管理标准化》等多篇论文，涉及机关事务标准化、机关事务精细化、机关运行保障、后勤服务社会化改革、机关事务治理体系和治理能力现代化等多个研究领域。研究团队成员参与省机关事务管理局多项标准的制定和出台，以及全省各州市机关事务“十四五”规划的研究、编制工作，为全省机关运行保障工作提供决策咨询与咨政服务。

2022年，国管局政策法规司联合云南省机关事务管理局、云南大学承办了第四届全国机关事务研究机构建设研讨会暨政府运行保障管理学科建设交流会。